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Example of Custom FISH Probes

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Gene Chr# Position Size(kb) Type Probe Map FISH Photo
ALB 4 4q13.3 172 gene
AR X Xq12 139+198 break/apart
ARHGEF7 13 13q34 166 gene
BCOR X Xq11.4 176 gene  
BLOC1S1
/GCN5L1
12 12q13.2 287 gene
BMPR2 2 2q33.1
-2q33.2
508 gene
BPTF 17 17q24.2 334 gene
BRAF 7 7q34 333+366 break/apart  
CC2D1A 19 19p13.12 282 gene

CCDC6 10 10q21.2 342+365 break/apart
CCND1 11 11q13.3 339 gene  
CD74 5 5q32 531 gene
CDC2L6
/CDK19
6 6q21 180 gene
CDC40 6 6q21 193 gene
CDH1 16 16q22.1 331 gene  
CDK6 7 7q21.2 347 gene
CDKN2A 9 9p21.3 346 gene
CIC 19 19q13.2 376+386 break/apart
COL1A1 17 17q21.33 189 gene
CTNND2 5 5p15.2 469+313

break/apart
gene

DAZ Y Yq11.23 293 gene
DLEU1 13 13q14.2 336 gene
DSCR4
/DSCR8
21 21q22.13 408 gene
DUX4 4 4q35.2 366

break/apart
fusion
gene

E2F3 6 6p22.3 319 gene
EGFR 7 7p11.2 312 gene
EIF5A1 17 17q13.1 302 gene
EIF5A2 3 3q26.2 330 break/apart
gene
EPHA1 7 7q35 323 gene
EPHB6 7 7q34 374 gene
EPS8 12 12p12.3 188 gene
ERBB2 17 17q12 162 gene  
ERBB4 2 2q34 327+365

break/apart

ETV6 12 12p13.2 170 gene  
FGFR1 8 8p11.23 339 gene
FGFR2 10 10q26.12 348+382 break/apart
FN1 2 2q35 189 gene
FOSB 19 19q13.32 294 gene
FOXO4 X Xq13.1 400 break/apart
FOXP1 3 3p14.1 352+368 break/apart
FOXP3 X Xp11.23 116 gene
GNAS 20 20q13.3 334 gene
HEY1 8 8q21.13 297 gene
fusion
HMGA2 12 12q14.3 332+348 break/apart
IFI30 19 19p13.11 368 gene
IGHE 14 14q32.33 272+414 break/apart
INI1 22 22q11.2 364+612 break/apart  
IRS2 13 13q34 166 gene
JAZF1 7 7p15.1
-7p15.2
388+372 break/apart
fusion
KDR 4 4q12 320 gene
KIF5B 10 10p11.22 333+325 break/apart
gene
KIT 4 4q12 97 gene
KRAS 12 12p12.1 189 gene
KRT-10 17 17q21.2 304 gene
LATS1 6 6q25.1 339 gene
fusion
LEMD3 12 12q15 152 gene
LGR6 1 1q32.1 384 gene
LIG4 13 13q33.3 185 gene
LNX1 4 4q12 352 gene
MCL1 1 1q21.2 329 gene
MDM2 12 12q15 385 gene
MECP2 X Xq28 152 gene
MET 7 7q31.2 172 gene
MYB 6 6q23.3 286+403 break/apart
MYC 8 8q24.21 480 gene  
MYCN 2 2p24.3 368 gene
NCOA2 8 8q13.3 332 gene
NCOA4 10 10q11.23 198+208 break/apart
NF2 22 22q12.2 280 gene
NFIB 9 9q23 392 gene
fusion
NR4A3 9 9q22.33 350+323 break/apart
NRG1 8 8p12 300+377 break/apart
NUTM1 15 15q14 302+296 break/apart  
PDE12 3 3p14.3 257 gene
PDGFB 22 22q13.1 363+433 break/apart
PDGFRA 4 4q12 368 gene
PDGFRB 5 5q33.1 365 gene
PIK3CA 3 3q26.32 373 gene
PIM1 6 6p21.2 359 gene
PKD2 4 4q22.1 340 gene
PRKCE 2 2p21 367+341 break/apart
PSEN1 14 14q24.2 398 gene
PSPC1 13 13q12.11q 305 gene
PTP4A3 8 8q24.3 228 gene
RET 10 10q11.21 169+437 break/apart
gene
ROS1 6 6q22.1 190+191 break/apart
RPL22L1 3 3q26.2 204 gene
RPPH1 14 14q11.2 389 gene
SERPINE1 7 7q22.1 186 gene
SLC7A11 4 4q28.3 320 gene
SMARCB1
/INI1
22 22q11.23 364+612 break/apart
SMYD2 1 1q32.3 163 gene
SUZ12
/JJAZ1
17 17q11.2 345+365 break/apart
TCL1A 14 14q11.2 507 gene
TCRGC2 7 7p14.1 519 gene

TFE3 X Xp11.23 352+420 break/apart
TNFAIP3 6 6q23.3 182 gene
TNIK 3 3q26.2-3q26.31 355 gene
TP53
/P53
17 17q13.1 307 gene
TRIB2 2 2p24.3 375+362 break/apart
TSC1 9 9q34.13 180 gene
TSC2 16 16p13.3 30 gene
XIST X Xq13.2 20 gene
YWHAE 17 17q13.3 333+303 break/apart
             
             

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